در خصوص ثبت اختراعات نرم افزاری، اداره اختراع ایران صلاحیت لازم جهت تعیین مرجع استعلام جایگزین شورای عالی انفورماتیک، ندارد. در نتیجه اختراعات بیشماری در مرحله استعلام به صورت مسکوت باقی خواهد ماند. این در حالی است که امکان ثبت و فروش اختراعات نرم افزاری در ایالات متحده از طریق سیستم PCT وجود دارد. سوال این است که در هنگام ثبت اختراعات نرم افزاری در PCT اگر به جای انتخاب کردن مرجع استعلام اتحادیه اروپا، ایران را انتخاب کنیم، آیا باز هم اظهار نامه تا تعیین مرجع ذی صلاح موارد نرم افزاری ایران مسکوت خواهد ماند!!!! با توجه به مساله حق تقدم و مسکوت ماندن پرونده اختراع در اداره ایران، آیا می توان اتحادیه اروپا را انتخاب کرد؟